学院提出的自然科学理论，完全没有得到崇祯的认同。

　　不过崇祯倒也是发觉了，放任这些被革去了差事的钦天监官员在家闲逛，终究不是什么好事。这些人的身份实在是太过敏感，而此时大明的百姓又太过愚昧，朝廷说什么百姓大概还要半信半疑，但是这些钦天监官员说上几句，百姓们就一个个奉为真理，还以为得了什么天机。

　　不过崇祯很快就发现了，这些被淘汰下来的钦天监官员能够做什么了。他们对于科学历法的研究也许不成，但是糊弄愚人的把戏倒是知道的不少，且有些人对于本业的研究虽然不深，但是对于天方教义的研究却极为认真。

　　比如这位南京钦天监出身的王岱舆，他不仅通过阿拉伯文熟读了天方教的外文经籍，还攻读了中国经史及宋明理学兼及道佛著作，如果不是钦天监世业的制度，倒是说不准可以成为一方学者了。

　　于是崇祯便下令将这些钦天监被淘汰的官员集合了起来，让他们按照正德皇帝修订过的天方教经书版本为基础，重新修订了一份中国版本的天方教经书，准备以此来纠正国内天方教信徒的正信。

　　天方教自唐时传入中国以来，在元朝带回中国的色目人的影响下，在中国出现了一次天方教大规模传播的时期。虽然大明开国皇帝规复中原之后，对蒙古人信奉的密宗、色目人信奉的天方教都进行了打击，但是天方教已经在中国各地扎根，难以尽除了。

　　而基于首要打击蒙元的战略，太祖高皇帝对于这些色目人的后裔采取了怀柔之策，除了禁止他们继续内婚制外，并将之拆散分居于各处，试图同化掉这些色目人。两百余年过去之后，这些色目人倒是因为和中国人通婚而看不出自己的民族特征了，但是天方教却并没有如同佛教一般转化为中国式的宗教。

　　这些天方教徒依旧在使用外国文字的经书，并为自己起一个外国名字，称之为经名…这种种习俗都表明了，天方教的信徒以一种顽固的方式拒绝中华之同化，试图保留自身的独立性。

　　当然也有如同王岱舆这样的人，试图将天方教教义和中国的儒学结合，从而把天方教真正的融入到中国之中。只是，中国的士大夫们一向极为警惕外来的宗教，即便天方教在中国流传了数百年。王岱舆之类的人官职不高，名声不显，他的主张也并不能让主流的士大夫们所认同。

　　但是对于崇祯来说，王岱舆这类愿意把天方教中国化的人，还是极为有用的。天方教在中国传播数百年之后，虽然没有完成中国化的宗教，但是信徒却已经遍布了大半个中国，尤以西北和云南两地为多。

　　不过，天方教在云南遇到了东南亚诸国最为强势的小乘佛教的挤压，在西北则是西藏密宗的打压。

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